Aguerrido defensa central de la época de los 90 y con ADN ganador. De las categorías inferiores del Oporto, llegó al FC Barcelona casi sobre la bocina de cierre de mercado estival en la temporada 1996/97 de la mano de Bobby Robson (con José Mourinho de ayudante), quién lo fichó del Parma tras 2 temporadas en el club italiano, donde había ganado la Copa de la UEFA en 1995 contra la Juventus.
Tuvo un breve paso por la ciudad condal con 2 temporadas en la disciplina blaugrana, donde demostró con creces sus grandes dotes defensivas causando mella en sus rivales. En su primera temporada compartió vestuario con Ronaldo y agregó a su palmarés una Copa del Rey contra el Betis y la Recopa de Europa contra el PSG.
Bobby Robson dejó el banquillo del FC Barcelona a final de temporada para tomarse un año sabático y el club fichó a Louis Van Gaal como su sustituto.
Con la llegada del holandés, vio reducidos sus minutos de blaugrana y pese a haber logrado ganar Liga y Copa del Rey, se confirmó que no entraba en los planes del entrenador recalando en la Lazio de Roma junto a Iván de la Peña, otro gran (y prominente) jugador que tampoco cuajó en la filosofía de juego de Van Gaal.
Couto no dejó de ganar trofeos y de afianzarse como uno de los mejores defensas centrales de europa y se hizo con 7 entorchados más en sus 7 temporadas en el club romano, entre ellos la famosa (y última) Recopa de Europa contra el Mallorca, una Supercopa de Europa y dos campeonatos de Serie A.
Representó en más de 100 ocasiones a Portugal, poniendo broche a sus internacionalidades con una agridulce Eurocopa 2004, donde apenas jugó y con los lusos perdiéndo el campeonato como anfitriones ante una sorprendente Grecia.
De su paso por La Liga cabe recordar la famosa anécdota en la Romareda en un Zaragoza - Barcelona; uno de los primeros videos virales del fútbol español. Mejuto González (árbitro) y Rafael Guerrero (asistente) le robaron el protagonismo a Couto, que provocó una pena máxima bastante pícara a favor de su equipo:
